食药用菌的菌种相当于植物的种子，是食药用菌在生产中占极其重要的一环。没有菌种就不能从事其栽培生产，特别是要有优良的菌种，才能保证获得高产优质的子实体，因为菌种是食药用菌栽培最基本的生产资料，菌种质量的好坏是直接决定生产成败的关键一环。优良的食用菌菌种通常应具有适应性广、抗逆力强、商品性状好、味道鲜美、优质高产等特性。

首先，回顾我国食药用菌的菌种的技术发展历程。据文献记载，在我国晚清时期在翻译西方食用菌论文中第一次运用“菌种”一词，而在此之前，我国古人是不知有菌种这一概念的。古人以为菌芝类均是瑞气所萌发，并认为是吉祥之兆。而后在1898年的《农学报》中明确了菌种来源于孢子和组织，并提出了培养菌种需要无菌的概念。上世纪50年代的食用菌书籍中均提到“纯菌种”的概念及培养方法；上世纪50年代后期上海农业科学院陈梅朋先生发表的食用菌书籍中介绍了多种食用菌菌种的纯培养的方法等。至此，我国开始食药用菌培养纯菌丝体的菌种，并实施在生产上。而且食药用菌的菌种这个概念在我国逐步得到普遍应用。在2006年的《食用菌术语》中对菌种的描述是这样的：“生长在适宜的基质上具有结实性的菌丝培养物，包括母种、原种、栽培种。”

随着科学技术的进步和发展，食药用菌的菌种的诱变也进入了航天科技。将经过筛选的菌种放入飞船，当飞船在太空飞行时，其空间的物理环境与地面上有很大的差异，菌种在太空中没有昼夜的节律变化，处于微重力，含有宇宙射线以及地球上难以获得的高能重离子辐射，弱地磁场等因素，对菌种进行诱变，以期得到科学家所期盼的变异，这个变异使我们有可能获得具有优良性状的菌株，因此，航天技术可以成为快速培养出优良菌种的重要途径之一。

了解我国的食药用菌菌种的发展过程和菌种技术的进步，就能深刻理解以菌种为核心的技术进步实际上是推动了我国食药用菌栽培技术的发展和进步。所以菌种在食药用菌生产上具有非凡的主要意义。